1.牵头全市地表水生态环境监管工作。拟订并组织实施全市水生态环境政策、规划、法规、规章、制度、标准及规范。拟订并监督实施全市重点流域水污染防治规划、饮用水水源地水环境保护计划和重点行业企业水污染防治规划计划。拟订并监督实施水功能区划和水环境功能区划。

2.组织开展核定水域纳污能力，提出限制排污总量的意见。牵头组织开展水环境承载力评估。监督指导入河排污口设置。

3.统筹协调全市重点流域生态环境保护工作和长江保护修复攻坚战相关工作。监督管理饮用水水源地水生态环境保护、重大工程水生态环境保护和水污染源排放管控工作。

4.承担工业污染源水污染防治具体监管工作。牵头负责水污染物排放为主的行业综合整治提升工作。参与指导农业面源水污染防治。牵头落实小城镇环境综合整治、水环境污染第三方治理相关工作。

5.承担水污染物排污许可、总量控制和污染减排、排污权交易、水环境重点排污单位确定等的具体工作。

6.组织实施跨行政区域水体交接断面水质考核制度。指导协调流域水环境异常事件处置工作。参与重大和跨区域水环境污染处置。

7.负责全市近岸海域生态环境监管工作，监督陆源污染物排海，监督指导入海排污口设置。承担杭州湾污染防治相关工作。

8.承担钱塘江、富春江、新安江、兰江、新安江水库和富春江水库工作河（湖）长制日常工作，参与苕溪、余杭塘河、上塘河、京杭运河、西塘河等市级河道（湖泊）的河长制、湖长制工作。

9.联系协调市美丽杭州建设领导小组“五水共治”（河长制）办公室工作，承担市饮用水源保护工作领导小组办公室和市治污水（清水治污）协调小组办公室、钱塘江河长制办公室的日常工作。

10.承担调查处理本处职能范围内的人大代表建议、意见和党代表、政协委员提案及生态环境信访，整改回复涉及本处职能范围内社会评价意见。

11.承担与本处工作职责相关的调研、信息公开、信息、统计、监督、检查，指导业务培训、考核工作。

12.完成局领导交办的其它工作。